در این بخش روش ها و نکات مربوط به PCR و Real time PCR را مشاهده خواهید نمود. نکات ذکر شده راهگشای مشکلات بوجود آمده در انجام این فرآیندها و تکمیل کننده آنها می باشد.

NGS و تشخیص بالینی

در این مقاله به نکاتی در مورد NGS و تشخیص بالینی و چالش های پیش روی آن می پردازیم. سی و پنج سال پیش ، دکتر Janet Davison Rowley در آزمایشگاهش در دانشگاه شیکاگو پشت میکروسکوپ نشسته بود و کشف بزرگی در زمیته سرطان انجام داد، وی نشان داد که لوسمی در اثر ترنسلوکاسیون کروموزومی اتفاق می افتد. به مفهوم دیگر این یک بیماری DNA است. امروز با کمک NGS (Next generation sequencing) ما می توانیم بر روی آن کروموزوم و بقیه آنها تمرکز کنیم و نشان دهیم کدام نوکلئوتیدعامل بیماری بوده است. به سمت پزشکی شخصی اولین توالی یابی ژنوم انسان در سال 2003 میلیارها دلار هزینه داشت و نزدیک  به یک دهه به طول انجامید. امروزه هزینه این کار کمتر از 1000 دلار است و این رقم به ازای هر باز در حال کاهش است. پیشرفت های حاصل شده در زمینه ذخیره سازی داده ها و انباشت توالی [...]

By |۱۳۹۹/۸/۱۶ ،۱۵:۲۵:۳۴ +۰۰:۰۰آبان ۱۶ام, ۱۳۹۹|PCR & Real time PCR|بدون دیدگاه

8 نکته برای خرید دستگاه PCR

با دستگاه PCR مناسب میزان موفقیت خود را بالا ببرید   امروزه همه آزمایشگاه ها دستگاه PCR دارند. از نوع قابل حمل دارای باتری داخلی گرفته تا انواع دستگاه که ریل تایم هم انجام می دهند و مدل های دیگر که دارای انواع مزایا هستند. فرض کنید اگر قرار باشد شما بخواهید دستگاه PCR قدیمی موجود در آزمایشگاه را  تعویض کنید دنبال چه دستگاهی می گردید؟ ما در این مقاله به نکاتی اشاره می کنیم که فارغ از بحث قیمت دستگاه می تواند شما را در خرید یک دستگاه کارامد کمک کند.   ظرفیت نمونه دستگاه PCR از جمله امکاناتی که یک دستگاه PCR خوب اید داشته باشد تطبیق پذیری آن با تک تیوب های 0.2ml، تیوب های استریپ و پلیت های چندین خانه است. درسته که ممکن است شما هیچ وقت پلیت 96 خانه در دستگاه قرار ندهید ولی در آینده ممکن است آزمایشگاه به این قابلیت نیاز داشته [...]

By |۱۳۹۹/۶/۶ ،۱۲:۴۵:۵۶ +۰۰:۰۰فروردین ۲۱ام, ۱۳۹۹|PCR & Real time PCR|بدون دیدگاه

عیب یابی استخراج RNA

عیب یابی استخراج RNA   استخراج RNA یکی از پرکاربردترین روشها می باشد ولی بسیار ریزه کاری دارد. هر کسی که این کار را انجام داده است معمولا نکات و روش خودش را دارد که استخراج RNA را بدون نقص انجام دهد و یک RNA خوب داشته باشد. اگرچه RNA غیر قابل پیش بینی است آن هم به دلیل ناپایدار بودنش، ولی، مشکلات رایجی وجود دارد که قابل حل هستند.   مساله: وجود DNA ژنومی در RNA RNA با DNA ژنومی الوت (Elute) می شود که نشانه آن وجود اسمیر با وزن بالا است. یا اینکه چیزی روی ژل دیده نمی شود ولی کنترل های منفی RT  موقع PCR تکثیر دارند. علت: مهم نیست چه روشی را برای استخراج RNA استفاده کرده اید، همیشه ردی از DNA می بینید. این موضوع در استفاده از ترایزول (فنول) و ستون های اسپین (Spin column) وجود دارد. علت آن می تواند به این [...]

By |۱۳۹۹/۶/۲۰ ،۲۰:۱۳:۱۴ +۰۰:۰۰فروردین ۱۶ام, ۱۳۹۹|PCR & Real time PCR|بدون دیدگاه

استخراج پلاسمید با بافر قلیایی

استخراج پلاسمید با بافر قلیلیی اولین بار لیز قلیایی به وسیله Birnboim  و دالی در سال 1979 مطرح شد (Nucleic Acids Res. 7, 1513-1523) و با کمی تغییرات اکنون سالهاست که به عنوان روشی مناسب برای استخراج  پلاسمید استفاده می شود. راحت ترین راه برای توضیح اینکه لیز قلیایی چگونه انجام می شود این است که نگاهی به فرآیند آن بیاندازیم، پس ببینیم..     رشد سلولی و برداشت آن این فرآیند با رشد دادن سلول های باکتری در محیط کشت انجام می شود، باکتریهایی که حاوی پلاسمید مورد نظر هستند. هنگامی که سلول ها به رشد کافی رسیدند، برای خارج کردن آنها از محیط کشت پلت گیری انجام می شود یعنی به وسیله سانتریفیوژ رسوب داده و از محیط خارج می شوند. معلق سازی ( re-suspension) در استخراج پلاسمید پلت مجددا در محلولی معلق می شود (معمولا محلول 1 یا مشابه آن) نامیده می شود. این محلول دارای Tris، [...]

By |۱۳۹۹/۲/۱۳ ،۱۵:۰۴:۴۰ +۰۰:۰۰فروردین ۱۲ام, ۱۳۹۹|PCR & Real time PCR|بدون دیدگاه

انتخاب مناسب کیت استخراج DNA

انتخاب مناسب کیت استخراج DNA مقدمه اگر شما قصد استفاده از DNA خالص شده در آزمایشگاه را دارید، به احتمال زیاد از کیت های تجاری استخراج DNA استفاده خواهید کرد. کیت های متفاوت زیادی در بازار موجود است و اینکه اگر بخواهید برای یک نمونه خاص یک کیت مناسب انتخاب کنید این کار می تواند یک چالش بزرگ باشد. در این مقاله من سعی می کنم به مرور نکاتی که برای انتخاب یک کیت استخراج DNA ضروری است بپردازم. با من همراه باشید. چه چیزی در کیت استخراج DNA وجود دارد؟ اکثر کیتهای استخراج DNA این روزها از مراحل مشابهی استفاده می کنند: لیز (شکست یا تخریب) سلولی، استخراج در ستون، شستشوی ناخالصی ها، خالص سازی از ستون. البته تفاوت هایی در هماهنگی مراحل در کیت های مختلف وجود دارد. چه نمونه هایی را شما می توانید با این کیت ها کار کنید؟ کیت های مختلفی برای نمونه های گرفته [...]

By |۱۳۹۹/۱/۱۱ ،۱۱:۰۵:۴۹ +۰۰:۰۰فروردین ۱۱ام, ۱۳۹۹|PCR & Real time PCR|بدون دیدگاه

5 روش معمول برای تخلیص DNA

5 روش معمول برای تخلیص DNA   یکی از رایج ترین اموری که در زیست شناسی مولکولی انجام می شود تخلیص DNA است. ما DNA را از محلول های آبی تخلیص می کنیم تا بتوانیم آن را از نمک های بافر، آنزیم ها یا دیگر مواد موجود که بر روی فرایندهای بعدی تاثیر می گذارند جدا کنیم. از کاربردهای این روشها می توان به خالص سازی واکنش PCR ، خالص سازی بعد از برش آنزیمی با آنزیم های محدودالاثر و خالص سازی DNA ژنومی یا پلازمید از پروتئین ها و مواد زائد سلولی اشاره نمود. به صورت معمول 5 روش برای این کار وجود دارد که در این مقاله به آنها اشاره می کنیم. 1- تخلیص DNA به وسیله فنول –کلروفرم استخراج به وسیله فنول –کلروفرم (این مقاله را بخوانید Kirby, 1957) معمولا بعد از فرآیند ته نشین سازی از طریق اتانول انجام می شود و یک راه سنتی برای [...]

By |۱۳۹۹/۱/۱۰ ،۱۵:۱۸:۳۷ +۰۰:۰۰فروردین ۱۰ام, ۱۳۹۹|PCR & Real time PCR|۱ دیدگاه

مهار کننده های PCR

مهار کننده های PCR   معمولا، برای شما هم پیش آمده که هر کاری را برای یک PCR انجام داده باشید ولی با اینکه به بهترین شکل DNA خود را استخراج کرده اید، از تیوب ها و سرسمپلرهای استریل و مواد تمیز استفاده کرده اید، اما یک چیز نا معلومی نتایج PCR شما را خراب کرده باشد. این موارد نا معلوم مهار کننده های PCR (PCR inhibitors) هستند. قبل از اینکه این موضوع را به قانون مورفی مربوط کنید آزمایش خود را مجدد انجام دهید. اجازه بدهید مشخص شود که مهارکننده های PCR چرا اینقدر اذیت می کنند و ما چه کاری می توانیم برای جلوگیری از آنها انجام بدیم. مهار کننده های PCR چه هستند؟ مهار کننده های PCR از تکثیر نوکلئیک اسیدها جلوگیری می کنند ومنجر به ایجاد جوابهای اشتباه، کاهش حساسیت یا از بین رفتن PCR می شوند. مهار کننده ها به نوکلیئک اسیدها و پلیمرازها متصل [...]

By |۱۳۹۹/۱/۱۱ ،۱۸:۴۴:۰۴ +۰۰:۰۰فروردین ۹ام, ۱۳۹۹|PCR & Real time PCR|بدون دیدگاه

8 نکته ضروری در الکتروفورز DNA

8 نکته ضروری در الکتروفورز DNA انتخاب محصولات و روش های مناسب جهت انجام الکتروفورز برای آنالیز اسید نوکلئیک در موفقیت آزمایش ضروری است. این نکات به بهبود نتایج الکتروفورز و آنالیز رایج DNA و RNA بسیار کمک می کند. در این مقاله می خواهیم نکات جالب و مهمی را ارائه دهیم. امیداریم که این نکات برای شما مفید باشد.   نکته 1: انتخاب لدر مناسب برای مشخص کردن محصولات PCR یا ژل های با بازده بالا لدرهای مناسب آنهایی هستند که دارای باندهای کمتری هستند. لدرهایی را انتخاب کنید که باندها در آنها سریع جدا می شوند و حرکت سریعتری دارند. نکته 2: انتخاب غلظت بهینه ژل آگارز غلظت آگارز تاثیر بسزایی بر روی کیفیت جداسازی نمونه ها یا لدر بر روی ژل دارد. هرچه طول DNA  بلندتر باشد به آگارزی با غلظت پایینتر احتیاج است. جدول ذیل را مشاهده نمایید جدول: غلظت آگارز بر کیفیت جداسازی تاثیر می [...]

By |۱۳۹۹/۱/۷ ،۱۶:۱۷:۳۸ +۰۰:۰۰فروردین ۷ام, ۱۳۹۹|PCR & Real time PCR|بدون دیدگاه

تعیین غلظت و خلوص DNA

کاملترین راه برای بدست آوردن غلظت و خلوص DNA استفاده از روشهای اندازه گیری اسپکتروفتومتری UV و الکتروفورز ژل آگارز می باشد. این مقاله، مروری است بر این دوروش کاربردی.

By |۱۳۹۹/۸/۱۶ ،۱۸:۲۷:۳۳ +۰۰:۰۰آذر ۱۹ام, ۱۳۹۸|PCR & Real time PCR|بدون دیدگاه

6 رنگ DNA فلورسنت پر کاربرد

6 رنگ DNA فلورسنت پر کاربرد 6 رنگ DNA فلورسنت پر کاربرد برای نمایان سازی و رنگ آمیزی DNA رنگ های متقاوتی وجود دارند که برای نمایان سازی و دیدن DNA بعد از الکتروفورز استفاده می شوند. در میان انتخاب های بسیار، 6 رنگ DNA فلورسنت پر کاربرد وجود دارند که با اتیدیوم برماید شروع می شوند، این ماده رایجترین رنگ در آزمایشگاه ها می باشد. در این فرآیند تنها تفاوت بین رنگ ها مهم نیست، بلکه: تاثر استفاده آنها بر سلامتی بسیار مهم است.   1- اتیدیوم برماید اتیدیوم برماید رنگ شناخته شده ای است که جهت نمایان سازی DNA استفاده می گردد. این رنگ در ترکیب ژل، در بافر الکتروفورز یا رنگ آمیزی ژل بعد از ران  کردن DNA استفاده می شود. مولکول های رنگ به DNA متصل می شوند و در زیر نور UV خاصیت فلورسانت به DNA می دهند. درنتیجه نشان می دهند که DNA دقیقا در [...]

By |۱۳۹۸/۹/۹ ،۱۹:۰۰:۱۲ +۰۰:۰۰آبان ۲۱ام, ۱۳۹۸|PCR & Real time PCR|بدون دیدگاه

Go to Top