با دستگاه PCR مناسب میزان موفقیت خود را بالا ببرید

 

امروزه همه آزمایشگاه ها دستگاه PCR دارند. از نوع قابل حمل دارای باتری داخلی گرفته تا انواع دستگاه که ریل تایم هم انجام می دهند و مدل های دیگر که دارای انواع مزایا هستند. فرض کنید اگر قرار باشد شما بخواهید دستگاه PCR قدیمی موجود در آزمایشگاه را  تعویض کنید دنبال چه دستگاهی می گردید؟

ما در این مقاله به نکاتی اشاره می کنیم که فارغ از بحث قیمت دستگاه می تواند شما را در خرید یک دستگاه کارامد کمک کند.

 

  • ظرفیت نمونه دستگاه PCR

از جمله امکاناتی که یک دستگاه PCR خوب اید داشته باشد تطبیق پذیری آن با تک تیوب های ۰.۲ml، تیوب های استریپ و پلیت های چندین خانه است. درسته که ممکن است شما هیچ وقت پلیت ۹۶ خانه در دستگاه قرار ندهید ولی در آینده ممکن است آزمایشگاه به این قابلیت نیاز داشته باشد.

در دستگاه PCR به استفاده از پلیت های حاشیه دار (Skirted)  و یا بدون حاشیه (unskirted) وابسته است. اگر آزمایشگاه شما از پلیت های چندین خانه استفاده می کند( و نه از دیگر انواع)، و آنها با PCR سازگارند، خرید دستگاه باید طوری باشد که بتوان در آن از این پلیت ها استفاده نمود و بصرفه باشد.

 

 

 

دستگاه PCR

skirted PCR plate

 

دستگاه PCR

non skirted PCR plate

 

  • حجم واکنش، بلاک نمونه قابل تعویض در دستگاه PCR

برخی از بلاک  های نمونه ترمال سایکلر از نمونه های با حجم بالا از قبیل تیوب های ۰.۵ml استفاده می کنند، البته تعداد نمونه هایی که بتوان PCR کرد کم خواهد شد. برای اینکه این گزینه را هم باز بگذارید می توانید دستگاه هایی را مد نظر بگیرید که دارای چندین بلاک  قابل تعویض هستند. این راه خوبی برای حفظ فضا است و به راحتی می توانید در زمان احتیاج یک بلاک  دیگر سفارش دهید، به جای اینکه یک دستگاه دیگر بخرید.

حتی این موضوع می تواند راه موثری برای کاهش آلودگی بین نمونه ای باشد. می توانید برای هر نوع نمونه یک بلاک  را استفاده کنید. در واقع این قابلیت در آزمایشگاه هایی که هم نمونه باکتری و هم انسانی کار می کنند موثر است.

 

دستگاه PCR

PCR Blocks

 

  • گستره دمایی و درجه های رمپ دستگاه PCR

     

اکثر واکنش های PCR براساس پروتوکل استاندارد انجام می شود. برخی از پروتوکل ها ( مانند آنهایی که به شدت نیاز به تغییرات زیاد در پرایمر یا مواد دارند) باید بهینه سازی مضاعف شوند. لذا داشتن این قابلیت در دستگاه که بتواند گستره دمایی مورد نیاز را فرآهم کند بسیار مهم است (برای مثال ۰-۱۰۰ ᵒC ).

قابل کنترل بودن درجه رمپ، یا سرعت سرد و گرم شدن برای رسیدن به دمای مورد نظر، حداقل امکانات دستگاه است، ولی خیلی مهم است. زیرا اگر سرعت پایین باشد ممکن است پرایمرها به مکان های غیر اختصاصی بچسبند. بنابراین هرچه درجه رپ سریعتر باشد موفقیت در PCR بیشتر است.

 

 

  • دقت درجه دمایی و یکنواختی دستگاه PCR

به خاطر داشته باشید که ممکن است مبادله ای بین سرعت رسیدن رمپ به دمای سیکل و دقت دمایی در آن ران وجود داشته باشد. سرعت بالا می تواند تغییراتی ایجاد کند. حداقل در qPCR اینگونه است. شما یک دستگاه PCR می خواهید که هر نمونه ای را در بلاک به یک اندازه حرارت دهد. در هر نقطه دمای یکسان ایجاد کند و ثابت بماند(مثبت و منفی تغییرات پایین باشد). در اینجا برگه خصوصیات دستگاه به کمک ما می آید، دستگاهی را انتخاب کنید که پایینترین محدوده ی +/- را در دما و دقت داشته باشد.

 

  • لیدهای حرارتی دستگاه PCR

در هنگام PCR، نمونه ها یا پلیت ها به صورت مستقیم با تماس مستقیم با بلاک  گرم می شوند. در بالای تیوبها بخشی وجود دارد که تماس مستقیم با بلاک ندارد. بدون لید های حرارتی ممکن است گرادیان گرم به سرد در تیوبها اتفاق بیافتد. ممکن است پایین تیوب بخار شود و در بالا متراکم شود. در واکنش هایی که حجم پایین دارند این موضوع می تواند تاثیر زیادی در غلظت اجزاء PCR ، انحراف نتایج qPCR، امکان جلوگیری از انجام درست PCR دارد.

خلاصه اینکه، لید های حرارتی بزرگترین ابزاریست که به یکنواختی هر واکنش PCR کمک می کند.

 

دستگاه PCR

how PCR machine lid works

 

  • انجام مجدد عملیات دستگاه PCR

     

دستگاهی که انتخاب می کنید باید دارای راه اندازی مجدد بعد قطع برق یا به هر دلیل متوقف شدن کار دستگاه باشد. این یک امکانی است که برخی کمپانی ها در دستگاه خود ارائه می دهند.

 

  • گرمایش منطقه ای 

     

داشتن امکان برقراری گرمایش منطقه ای در قسمت های مختلف بلاک. این خصوصیت به شما این امکان را می دهد تا دمای بهینه پرایمر را زودتر مشخص کنید. این تکنیک اصطلاحا PCR گرادیانت نام دارد و برای عیب یابی واکنش استفاده می شود.

 

دستگاه PCR

gradient PCR

 

دستگاه PCR

gradient PCR

 

 

  • سازگاری و مقیاس پذیری دستگاه PCR

هر دستگاه PCR باید از لحاظ تکنولوژی انعطاف پذیر باشد و با تکنولوژیهای آینده سازگاری داشته باشد، زیرا این خرید قرار است چند سال در آزمایشگاه کار کند. چه آزمایشگاه هر سایکلر خود را مجذا ران کند یا کنترل همه آنها را با موس و کیبرد داشته باشد. این محققان را ترغیب می کند تا با ذخیره کردن تنظیمات، برنامه ها و داده ها، همه در یک مکان با یکدیگر همکاری کنند.

به نظرتان چه امکانات دیگری را می توان در یک دستگاه PCR داشت؟ نظراتتان را با ما در میان بگذارید.

 

برای آشنایی با روشهای عیب یابی PCR اینجا کلیک نمایید.

 

  • منبع:

  1. Hilscher C, Vahrson W, Dittmer DP. (2005). Faster quantitative real-time PCR protocols may lose sensitivity and show increased variabilityNucleic Acids Research, ۳۳(۲۱):e182.
  2. bibesizebio