انتخاب مناسب کیت استخراج DNA

مقدمه

اگر شما قصد استفاده از DNA خالص شده در آزمایشگاه را دارید، به احتمال زیاد از کیت های تجاری استخراج DNA استفاده خواهید کرد. کیت های متفاوت زیادی در بازار موجود است و اینکه اگر بخواهید برای یک نمونه خاص یک کیت مناسب انتخاب کنید این کار می تواند یک چالش بزرگ باشد. در این مقاله من سعی می کنم به مرور نکاتی که برای انتخاب یک کیت استخراج DNA ضروری است بپردازم. با من همراه باشید.

آشنایی با کیت استخراج DNA

چه چیزی در کیت استخراج DNA وجود دارد؟

اکثر کیتهای استخراج DNA این روزها از مراحل مشابهی استفاده می کنند: لیز (شکست یا تخریب) سلولی، استخراج در ستون، شستشوی ناخالصی ها، خالص سازی از ستون. البته تفاوت هایی در هماهنگی مراحل در کیت های مختلف وجود دارد.

چه نمونه هایی را شما می توانید با این کیت ها کار کنید؟

کیت های مختلفی برای نمونه های گرفته شده از منابع گوناگون وجود دارد. از سلول های کشت داده شده در آزمایشگاه، نمونه های کلینیکی و نمونه های خاک گرفته تا نمونه های انگشت نگاری DNA. بسیاری از کیت ها برای عمل خاصی طراحی شده اند. برای مثال ، آیا می دانستید که هیومیک اسید خاک یا هموگلوبین خون می توانند برای DNA استخراج شده مهار کننده باشند و در فرآیندهای بعدی مانند PCR خلل ایجاد کنند؟

خوشبختانه، کیتهایی برای رفع این مشکل وجود دارند که در حین تخلیص DNA این مهارکننده ها را حذف می کنند. در مواقعی هم ممکن است شما بخواهید DNA خود را از محصول PCR یا ژل آگاروز تخلیص کنید، برای این موارد هم کیت های مختلفی وجود دارد.

تفاوت کیت استخراج DNA ژنومیک و پلازمید

در کل، استخراج DNA پلازمید باید ملایمتر از DNA ژنومی باشد. به این خاطر که مرحله لیز سلولی باید به گونه ای باشد که DNA ژنومی بتواند به پروتئین های سلولی متصل بماند تا در نهایت منجر به آلودگی DNA نشود.

کیت استخراج DNA سلول یا ارگانیسم

مشخصا مهمترین عامل در انتخاب کیت استخراج DNA مربوط به ارگانیسمی است که شما با آن کار می کنید.

  • باکتری: تعداد زیادی کیت با اجزاء گوناگون برای استخراج DNA باکتری موجود می باشند. مهمترین تفاوت در این کیت ها در این است که چگونه سلول را لیز می کنند. چراکه در برخی باکتریها با سختی بیشتری این کار انجام می شود. برای مثال باکتری هایی که به صورت بیوفیلم هستند نیاز یه تکنیک های لیز شدیدتری نسبت به روش های سنتی که بر اساس شوینده ها هستند دارند.
  • بافت: کیت هایی که برای استخراج DNA از یافت استفاده می شوند بافر لیز ملایمتری نسبت به باکتری دارند زیرا دیگر نیاز به شکستن دیواره سلولی ندارند. نکته ای که در استخراج DNA از بافت همیشه وجود دارد و یک چالش محسوب می شود انتخاب روش مناسب برای هوموژنیزه کردن است. علاوه بر این، در بسیاری از کیت هایی که برای استخراج DNA از بافت استفاده می شود به منظور کاهش ریسک آسیب به DNA در مرحله رسوب دهی، از فنول – کلروفرم استفاده نمی شود.
  • گیاه: هنگامی که از استخراج DNA در گیاه صحبت می کنیم باید موارد دیگری را مد نظر قرار دهیم. گیاهان معمولا دارای قندهایی هستند که در طول فرآیند تخلیص با دیگر کیتها جدا نمی شوند. لذا، دترجنها یا شوینده هایی که به صورت انتخابی به DNA وصل می شوند و محلول را رسوب می دهند، باید در ابتدا در محلول بسیار غلیط نمکی حل شوند و سپس پس از آن استخراج DNA را انجام دهند. روش های گوناگونی برای خارج کردن آلودگی ها از سلول های گیاهی وجود دارد که می توان به آنها مراجعه نمود.
  • خون: باید از پیشرفت های تکنولوژی تشکر نمود، زیرا تکنیک های لیز و استخراج متفاوتی در کیت ها برای استخراج DNA استفاده می شود. در واقع کاری که شما بعد از استخراج DNA از خون می خواهید انجام دهید این متدها را تعیین می کند. بر اساس کاربرد ، کیتی را انتخاب کنید که به شما یک DNA خالص، دو رشته و غلیظ بدهد.

شما چقدر DNA لازم دارید؟

بسیاری از شرکت ها که کیت های استخراج DNA را ارائه می دهند، کیتهایی با ترکیبات یکسان دارند که بر حسب حجم نمونه شما به مدل های مختلف تقسیم می شوند. مثلا، کیتهای استخراج DNA از باکتری وجود دارد که بر اساس حجم نمونه باکتری E. coli تهیه شده اند.

  • Miniprep: >15 mL
  • Midiprep: 15-25 mL
  • Maxiprep: 100-200 mL
  • Megaprep: 500-2,500 mL
  • Gigaprep: A whopping 2.5-5 L!

برای کاربردهای اختصاصی، هنگامی که صحبت از حجم و نمونه بافت باشد، انتخاب های کمتری وجود دارد که باید برای این منظور از کمپانی های مختلف استعلام کنید.

زمان شما بسیار با ارزش است: در استفاده از کیت استخراج DNA توان را در نظر بگیرید

هنگامی که شما بیش از ۵۰ نمونه را باید بررسی کنید، استفاده از کیت های Miniprep ستونی منطقی نیست. کیت های با توان بالا را در نظر داشته باشیدکه می تواند با فرمت ۹۶ خانه اجرا شود و کل نمونه ها را یکباره پردازش کند.

خوب بعد از مطالعه این مقاله متوجه شدیم که کیتها در اندازه ها و اشکال مختلف وجود دارند. چیزی که واضح است این موضع است که نتیجه حاصل از کیتی که شما استفاده می کنید باید یک DNA تمیز و غلیظ باشد. شما باید کمیت و کیفیت DNA استخراج شده را ارزیابی کنید تا مطمئن شوید کیتی که برای کارتان تهیه کردین مناسب است. اگر مشکلی در استفاده از کیت داشتید حتما با تولید کننده یا شرکت پشتیبان موضوع را مطرح کنید.

منبع: bitesizebio

این مقاله توسط New England biolabs  تهیه شده است

از چه کیتی در آزمایشگاه خودتان استفاده می کنید؟ آیا تا به حال از نمونه خاصی DNA استخراج کرده اید؟ خوشحال می شویم در قسمت کامنت در مورد تجربیاتتان برای ما بنویسید.